菌核病是辣椒生长中常见的一种病害，可危害幼苗、茎部、叶片和果实等。是很多保护地栽培中的毁灭性病害。患病的辣椒都长白毛，生产中很难区分究竟是疫病还是菌核病，导致防治难度加大。
辣椒菌核病危害症状：
苗期染病茎基部初呈水渍状浅褐色斑，后变棕褐色。潮湿时皮层腐烂，上生白色菌丝体，干后呈灰白色，茎部变细，然后全株死亡；
成株期主要发生在距地面5～20cm处茎部和枝杈处，病部初呈水渍状淡褐色斑，后变为灰白色，向茎部上、下扩展，湿度大时，病部内、外生白色菌丝体，茎部皮层霉烂，并形成许多黑色鼠粪状菌核，然后引起落叶、枯萎死亡；
果实染病，果面先变褐色，呈水渍状腐烂，逐渐向全果扩展，有的先从脐部开始向果蒂扩展至整果腐烂，表面长出白色菌丝体，后形成黑色不规则菌核，引起落果。本病无恶臭。
传播途径和发病原因
1、辣椒菌核病病菌以菌核遗落在土中或混杂在种子中越夏或越冬。在温湿度适宜时萌发产生子囊盘和子囊孢子，子囊孢子借气流传播到植株上形成初侵染。发病后通过接触形成再侵染。菌丝从伤口侵入，或其芽管直接穿过寄主失去膨压的表皮细胞间隙，侵入致病。
2、南方2～4月份和10～12月份菌核有两次萌发高峰期，北方多在3～5月份发生。夏季气温升高，病情稍缓和，但如遇有3天以上的连阴雨，病情又回升。
3、害虫、鼠害也可传播，病株和健株的互相接触也可传播。种植密度大、通风透光不良、偏施氮肥发病严重。
辣椒菌核病的防治措施：
1、辣椒与禾本科作物实行3~5年轮作。发现病株及时拔除或剪去病枝，带到棚外集中烧毁或深埋。
2、带菌种子用52℃温水浸种30分钟，把菌核烫死，后移入冷水中冷却。用种子重量0.4%～0.5%的50%可湿性粉剂扑海因，或50%可湿性粉剂多菌灵，或50%扑海因可湿性粉剂拌种。
3、使用微生物菌剂-（1kg）土传小精灵
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适用作物：
草莓、蔬菜、葱、姜、蒜、药材、果树、烟草、棉花、小麦、水稻、花生、花卉、草坪、苗木等作物。
防治对象：
立枯病、猝倒病、枯萎病、黄萎病、根腐病、纹枯病、姜癌病、软腐病、茎枯病、菌核病、烂秧病、重茬病等。
使用方法：
·在农作物育苗时施入营养土。
·底施、穴施、撒施，每亩用本品1-2袋，与复合肥混匀后施用效果更佳。
·后期灌根或冲施，每亩用本品1000克兑水100斤溶解后，冲施或后期灌根，若与冲施肥混用效果更佳。